制藥廢水處理工程中包括抗生素生產廢水、合成藥物生產廢水、中成藥生產廢水以及制劑生產過程的洗滌水和沖洗廢水四大類。

抗生素廢水色度偏高、含多種生物難降解及有毒物質，且廢水中殘留的抗生素會對環境造成潛在的影響。

中成藥生產廢水中大多含多環芳烴類物質，COD最高可達上千mg/L，廢水水質水量變化大。

合成藥物生產廢水組分復雜，有機污染物濃度高，且含有大量有毒有害物質，對生物活性具有較大的抑制作用，處理難度大。

制藥廢水處理工程在生產過程中的洗滌水和沖洗廢水，相比于其他制藥過程產生的廢水而言，它的有毒有害物質的濃度大大降低，處理難度相對容易許多，可將其與其他生產廢水一同處理。

以上多種制藥廢水未經處理就直接排放進入環境，將造成很嚴重的危害。其中難降解有機物含量多，且大多具有較強的毒性，這些難降解污染物排入水體后，長時間殘留在水體中，并通過食物鏈積累、富集，最終進入人體產生毒性。當有機物含量過大，生物氧化分解所消耗氧的速率超過復氧速率時，將使水體缺氧，從而造成水體中好氧水生物死亡，使厭氧微生物消化產生甲烷、硫化氫等物質，進一步抑制水生生物，使水體發臭。另外，藥劑本身殘留物及其合成過程中產生的半成品往往具有一定的殺菌或抑菌作用，從影響水體中細菌、藻類等微生物的新陳代謝，并最終破壞整個生態系統的平衡。

制藥廢水處理難點在于廢水中的某些成分有可能抑制微生物的生長，進一步降低廢水的可生化性，使出水不符合排放標準。因此，提高可生化性是制藥廢水處理過程中面臨的首要問題。目前，制藥廢水的處理方法主要有物理化學法、化學法和生化法以及組合處理工藝。

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