在生物制藥廢水處理中普遍采用“消除廢水生化抑制影響預處理一厭氧生化（包括厭氧水解或厭氧消化）一好氧生化－廢水深度處理”的技術路線。廢水首先進行預處理，將其毒性控制在生化抑制濃度以下，以提高廢水的可生化性，為后續生物處理創造條件。

然后，再通過厭氧生物處理和好氧生物處理，以及后續的深度處理措施，終實現廢水的達標排放。廢水預處理的主要目的是降低生物制藥廢水的毒性，提高其可生化性，為后續生化處理單元打下基礎。預處理方法主要有下面幾種：混合稀釋法，混凝分離法，化學氧化和高級氧化法。

廢水的生物處理主要作用是去除大部分的污染物，可以分為厭氧與好氧處理。厭氧生物處理的主要形式有 ：水解酸化工藝，厭氧消化工藝。厭氧消化的主要形式有：升流式厭氧污泥床（UASB）、厭氧復合床（UASB＋AF）、IC反應器、DIC、厭氧折流板等。

好氧生物處理是發酵類制藥廢水處理工藝過程的重要部分，這些年來，用于發酵類制藥廢水好氧生化處理裝置的形式主要以活性污泥法、生物接觸氧化法、深層曝氣法、A/O工藝、序批式間歇活性污泥法（SBR）、CASS池系統及其他不同的形式的SBR變形工藝等。

作為發酵類制藥廢水的后一級生化處理措施，這些方法均取得了較好效果。常用的廢水深度處理措施主要有臭氧生物活性炭工藝、臭氧曝氣生物濾池工藝、膜生物反應器（MBR）以及吸附過濾、超濾、反滲透等方法。這些方法用于制藥廢水的后續深度處理還需要在實踐中進一步探討。實現廢水按標準達標排放，更重要的是實現整個工藝過程優化。

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