1、高效降解菌直接作用

目前，在工業污水處理中生物強化技術應用為普遍的方式是直接投加對目標污染物具有特效降解能力的微生物，生物強化技術這種作用機制首先需要通過馴化、篩選、誘變和基因重組等生物強化技術手段得到一株或多株以目標降解物質為主要碳源和能源的高效微生物菌種，再經培養繁殖后，投放到具有目標降解物質的廢水處理系統中。投加的微生物可以附著在載體上，形成高效生物膜；也可以以游離的狀態存在。因此，當原處理系統中不含高效菌種時，如果投入一定量的高效菌種，則可有針對性地去除廢水中的目標降解物；當原處理系統中只存在少量高效菌種時，那么投加高效菌種后，可大大縮短微生物馴化所需要的時間。從理論上講，給予足夠長的時間，適宜的生存環境，任何一種污染物都可以進化出其相應的降解菌。

2、微生物的共代謝作用

所謂微生物的共代謝作用是指只有在初級能源物質存在時，才能進行的有機化物的生物降解過程。共代謝過程不僅包括微生物在正常生長代謝過程中對非生長基質的共同氧化，而且也包括了休止細胞對不可利用基質的氧化代謝。微生物的共代謝作用可分為：

(1)以易降解的有機物為碳源和能源，提高共代謝菌的生理活性；(2)以目標污染物的降解產物、前體作為酶的誘導物，提高酶的合成；(3)不同微生物之間的協同作用。許多難降解有機物的去除是通過易降解有機物作為碳源和能源的共代謝途徑進行的。在應用生物強化制劑進行廢水的處理時，投加適宜的共代謝底物對生物強化制劑效果的發揮十分重要，除了考慮菌種本身的特性以外，還應當在實際的應用中為高效菌效果的發揮創造有利的條件，如共代謝底物和營養物質的添加等。

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