目前，國內外對抗生素制藥廢水處理工藝已經基本定型，主要分為物化處理和生化處理。物化處理的主要作用是降解難分解的大分子有機物，能夠讓廢水在進人生物處理工段后能夠更高效率地被微生物吸收利用，其次是失活分解廢水中的殘余抗生素，可以有效地避免對后期的生物處理產生不利影響；生化系統是抗生素廢水處理的主要工藝，主要降解水中有機物的濃度。

抗生素制藥廢水處理工程的廢水水質特點使得多數制藥廢水單獨采用生化法處理根本無法達標，所以在生化處理前須進行必要的預處理。一般應設調節池，調節水質水量和pH，且根據實際情況采用某種物化或化學法作為預處理工序，以降低水中的SS、鹽度及部分COD，減少廢水中的生物抑制性物質，并提高廢水的可降解性，以利于廢水的后續生化處理。

抗生素制藥廢水處理工藝預處理后的廢水，可根據其水質特征選取某種厭氧和好氧工藝進行處理，若出水要求較高，好氧處理工藝后還需繼續進行后處理。具體工藝的選擇應綜合考慮廢水的性質、工藝的處理效果、基建投資及運行維護等因素，做到技術可行、經濟合理。總的工藝路線為預處理一厭氧一好氧一(后處理)組合工藝。

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