市場上藥品的種類繁多、各藥廠的生產規模也不同、藥廠所應用的制藥工業污水處理方法也不同，產生的污水量也不同，產品也會隨著原藥材的季節供應及市場銷售情況發生變化。

制藥企業產生的廢水因為持續不定期排放，污水成分復雜，COD 濃度變化大，常含較高濃度的氨氮，污染物濃度高，廢水中含有大量難降解的有機污染物、有毒物質等，這些物質抑制了制藥廢水處理中某些微生物的生長，影制約了廢水的處理效果，對廠區周邊環境及水資源產生了污染，對人類和生物也造成危害，同時使制藥產業的發展受到了限制。

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目前國內的制藥處理方法大多采用調節、混凝、曝氣、厭氧、膜分離等物理化學技術和生化技術的組合工藝，如：水解酸化法、間歇式序批活性污泥法 SBR 工藝、吸附法、膜處理技術、組合處理工藝、電解法、催化氧化法等。

近年新型的制藥處理技術有磁分離技術、輻射技術、光化學催化氧化等。目前對制藥工業廢水的特殊性認識高度還不是很夠，處理的標準及效果還是欠佳，廢水處理設施的占地面積大、投資較大，處理效果不夠高標準排放，回收利用率不高，環境和經濟效應達不到互相平衡的狀態。隨著國家對工業廢水排放標準的不斷提高，地方企業對制藥廠區環保治理有很大壓力的同時，也不斷地在改進與提高。

現代制藥廢水處理方法有物化處理、生化處理、化學處理及物理化學法。物理處理法是通過物理作用，分離回收污水中的不溶解、懸浮物質，不可以改變其化學性質，有過濾法、沉淀法、浮選法。對污染物的去除率不高，但是費用較小；

化學處理是向污水中加入化學試劑，利用化學反應來分離、轉化降解、回收污水中的污染物。常用的化學方法有：化學沉淀法、中和法、氧化還原法、混凝法。比物理法處理干凈，但成本高，也容易對環境造成二次污染；物理化學法是利用萃取、吸附、離子交換、膜分離技術、氣提等物理化學原理來處理，可分離污水中的有機或無機的溶解態或膠狀污染物，常用的方法是萃取法、吸附法、離子交換法、膜析法。適合處理濃度很高的廢水；

生化處理法是利用微生物作用，氧化分解污水中的有機物為無機物，分為好氧生物處理和厭氧生物處理。效果好且運行費用低，是目前制藥廢水處理較為理想的方法，在城市廢水和工業廢水中應用廣泛。

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